Het eigenlijke ereteken van een basilica minor is het pauselijk embleem, de gekruiste sleutels. Ze vormen een verwijzing naar de Bijbeltekst waar Jezus tegen Petrus zegt dat hem de sleutels van het Rijk der Hemelen gegeven worden (Mt 16,19). De bisschop van Rome, de paus, is de opvolger van de apostel Petrus en voert daarom de twee sleutels als voornaamste kenteken. Wanneer in kleur, dan is de ene sleutel van zilver (wit) en de ander van goud (geel).

Voor de Sint Franciscusbasiliek is gezocht naar een ontwerp dat past bij de architectuur van het gebouw. De vormgeving van de handvatten van de sleutels is ontleend aan het motief dat in de tegelvloer gevonden wordt. Het trapmotief bij de aanhechting van het handvat op de rest van de sleutel is eveneens ontleend aan details in de architectuur van de basiliek. Het is, bijvoorbeeld, te vinden in de vormgeving van de wijwaterbakjes bij de ingangen.