Uit het Sint Franciscus Kinderkoor is in 2014 het Sint Franciscus Jeugdkoor ontstaan. Dit koor is voor de leeftijd van 12/13 tot ongeveer 19 jaar. Inmiddels telt dit koor 5 enthousiaste leden.

Het Jeugdkoor repeteert onder leiding van dirigente Cecilia Bekema elke maandagmiddag (behalve schoolvakanties) van 17.00 tot 18.00 uur in de Maria van Sevenwoudenzaal van de Sint Franciscuskerk in Bolsward.  

Het Jeugdkoor verzorgt gemiddeld één keer per maand de zang tijdens een viering.  Meestal samen met het Sint Franciscus Kinderkoor, maar soms ook samen met het Sint Franciscus dames- en herenkoor bij bijzondere vieringen door het jaar of tijdens Kerstnacht of de Paaswake. Dan heeft het Jeugdkoor een solistische rol.